Desa Motongkad Selatan merupakan hasil pemekaran dari Desa Motongkad pada Tahun 2013 Motongkad selatan adalah Pedukuan dari Desa Motongkad tepatnya Dusun IV yang biasanya disebut dengan kampung Basecamp. Kata Basecamp artinya tempat berkumpul suatu kelompok atau beberapa orang yang kalimat/ penyebutnya dipermudah menjadi Biskam. Konon waktu itu kapal – kapal dari jepang berlabu di pinggiran Pantai untuk menggangkut Kayu. Pada tahun 1975 samapi 1980 dengan kemajuan dan teknologi yang berkembang membuat Biskam ini berkembang dengan Populasi Penduduk yang berasal dari Sanger Talaud yang datang menjadi Nelayan dan petani membuat jumlah penduduk bertambah pesat, sehingga memuhi standart pemekaran Desa pada saat itu yang menjabat sebagai sangadi adalah Bpk. Agussalim Ridjal Abraham. Ketika Desa Motongkad selatan di mekarkan menjadi satu Desa yaitu Motongkad Selatan dengan alasan sudah memenuhi syarat untuk dimekarkan menjadi satu desa yang baru sesuai dengan undang undang yang berlaku, lalu Bpk. Bupati Sehan S. Landjar menunjuk Pjs. Sangadi Pertama adalah Ishak Damopolii sebagai Penjabat Sementara sampai bulan Bulan Desember tahun 2016 dan, Kemudian pada tanggal 21 Desember sesuai dengan Keputusan Bupati Bolaang Mongodow Timur Nomor 315 Tahun 2016 tentang Pengesahaan dan Pengangkatan Sangadi Terpilih yaitu Ishak Damopolii yang menjadi Sangadi Devinitip.
Desa Motongkad selatan Awalnya berdiri pada tahun 2013 sampai Bulan Agustus tahun 2016 merupakan salah satu desa dalam wilayah Kecamatan Nuangan Kabupaten Bolaang Mongondow Timur, Kemudian Bulan Agustus tahun 2016 resmi menjadi Kecamatan Motongkad dan yang menjadi pejabat kepala Wilayah Kecamatan Motongkad pada bulan agustus tahun 2016 adalah Syarifudin Al Idrus, S.Pd. Kemudian pada bulan Desember Tahun 2016 terjadi Roling seluruh SKPD maka pada Bulan Desember Sesuai dengan SK Bupati Bolaang Mongondow Timur pada bulan Desember tahun 2016 dilantik kepala wilayah kecamatan Motongkad atas nama Abdul Muhdar Mokoagow, S.Pd sampai sejarah Desa Motongkad ini di terbitkan.
